茚三酮可以用來監測固相肽合成中的脫保護作用（Kaiser測試）。肽鏈通過C端與固相基質連接，利用N端擴展肽鏈，當N脫保護后，茚三酮測試呈藍色。氨基酸殘基是在N端被保護的情況下接入肽鏈的，因此如果下一個氨基酸殘基成功的連接到肽鏈上，茚三酮測試會給出無色或者黃色的結果。

茚三酮也可以用于蛋白質的氨基酸分析。除去酸之外的大多數氨基酸，水解之后可與茚三酮反應。水解中某些氨基酸的側鏈也會被。因此對于那些與茚三酮不反應或者發生其他反應的氨基酸需要另作分析。其余的氨基酸經過色譜分離后可以比色定量。在分析化學反應的薄層色譜（TLC）中，它可以用于檢測所有的胺類，氨基甲酸酯類，在經過充分熱處理后可以檢測酰胺類物質。當茚三酮與氨基酸反應時可以釋放CO₂。二氧化碳中的碳原子來源于氨基酸的羧基碳。在考古研究中，這個反應用于釋放古老骨骼中羧基碳用于穩定同位素分析，以幫助重現古代生物的食物結構。用一種標記底物處理的土壤，隨后利用茚三酮與氨基酸的反應釋放羧基胺，可以證明這種底物是否被吸收進微生物蛋白質。這種方法成功的發現了一些氨氧化細菌（也叫做利用土壤中的尿素作為碳源 ^[2]  。常用茚三酮溶液分析諸如紙張等多孔表面上的潛指紋。手指所分泌的細微汗液聚集于*的手指紋路表面，也即含有氨基酸的指紋，經過茚三酮處理可以將氨基酸指尖紋路變為可見的紫色。